我們正身處一個恐慌年代，在恐怖組織的威脅下，無人能夠獨善其身。為求捍衛社會安寧，ATF反恐團隊以強硬手段對付恐怖分子，面對一次又一次的恐怖襲擊，絕不容忍妥協。
兄弟同心 化解危機
日本特種部隊SAT(Special Assault Team)傳來線報，指國際龍舟賽成為了恐怖分子的襲擊目標，ATF嚴陣以待。背負著警方臥底身份的古惑仔莊有正(陳展鵬飾)，奉黑幫之命，前往賽事場地放置計時炸彈，卻被身為SDU成員的弟弟莊有傑(吳卓羲飾)發現，窮追不捨。追捕期間，有傑意外落入恐怖分子手中，幸好有正及時迎救，兄弟攜手，配合ATF精妙佈局，終成功拘捕恐怖分子，化解危機。
反恐訓練 各展所長
兩兄弟為警隊立下大功，隨即申請加入反恐部隊。受訓期間，有正表現出勇猛果敢，當機立斷性格，為求協助同伴，不惜違規受罰；有傑則著重團隊精神，嚴格遵從長官命令，全力執行獲委派的任務。儘管兩兄弟性格迥然，但二人合作無間與出色表現，得到上司肯定。
受訓完畢，有正和有傑分別被派往調查組和行動組，跟隨情報組總指揮沈志敖(關禮傑飾)及行動組總指揮高威(黃德斌飾)進行反恐工作。無獨有偶，二人亦同時對ATF情報分析員鍾日嘉(陳茵媺飾)暗生情愫，分別對她展開追求。
秘密組織 密謀恐襲
ATF收到馬來西亞警方UTK部隊(Unit Tindakan Khas)，以及美國國土安全部(US DHS-U.S. Department of Homeland Security)的情報，得悉犯罪組織會將一批軍火運往香港，但ATF只搜獲其中一部份，並懷疑其他失蹤軍火將被用於在港舉行的世貿會議。
專題記者葉婷(蒙嘉慧飾)曾經報導ATF的反恐訓練，因而認識有正。葉婷意外得知被竊軍火與恐怖組織「驚鳥」有關，暗中把情報交給有正，協助破案，二人因而建立出一段微妙關係。
ATF在追查之下，發現「驚鳥」不但與軍火失竊案有關，還正策劃另一宗更加駭人的毒氣彈恐怖襲擊。
機密外洩 有正遇害
為「驚鳥」製作毒氣彈的科學家王教授(李成昌飾)中途叛變，並要求ATF提供保護。有正負責護送王教授前往安全屋，但藏身地點外洩，「驚鳥」派人襲擊，有正雖然成功安排支援隊員救走王教授，自己卻被捉拿。「驚鳥」要脅以有正交換王教授，ATF拒絕，「驚鳥」一怒之下射殺有正，並透過電腦網絡將行刑片段傳送至ATF作為報復。
人心難測 誓找叛徒
日嘉因為目擊有正遇害，悲慟不已，有傑為使日嘉重新振作，不惜模仿有正的日常行為，日嘉大受感動，卻陷入感情矛盾之中。另一方面，有傑調任情報調查員，接任有正的職位，欲找出有正被害真相。
ATF成員因有正被殺，安全屋機密外洩的事，掀起一場「內鬼」風波，反恐成員間互相猜疑，部隊團結力量面臨重大考驗。相比恐怖組織，人心變壞更加恐怖……
